人腦的發(fā)育過程錯(cuò)綜復(fù)雜栅葡,這使得我們很難準(zhǔn)確理解它在神經(jīng)發(fā)育障礙(NDD)中是如何受到影響的植兰。盡管我們在利用新的單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)描繪神經(jīng)發(fā)育軌跡仇祭,以及通過全外顯子組測序和全基因組關(guān)聯(lián)研究揭示某些遺傳變異與NDD風(fēng)險(xiǎn)之間的關(guān)聯(lián)方面取得了進(jìn)展仁讨,但對于NDD相關(guān)基因如何影響神經(jīng)發(fā)育的具體機(jī)制绽乔,我們?nèi)匀狈ο到y(tǒng)性的理解苍在。體外模型如源自人類誘導(dǎo)多能干細(xì)胞(hiPSC)的腦類器官塘辅,提供了一個(gè)易于操作的平臺晃虫,能夠模擬人類特有的神經(jīng)發(fā)育過程,但是這些研究仍然受到一些限制扣墩。
在最新一期《自然》雜志上發(fā)表的兩項(xiàng)研究中哲银,作者進(jìn)一步擴(kuò)展了研究工具扛吞,以便更深入地了解與自閉癥譜系障礙(ASD)和其他NDD相關(guān)的基因的功能。他們巧妙地將體外hiPSC衍生的腦類器官和組裝體模型與基于CRISPR的基因篩選技術(shù)相結(jié)合荆责。這種方法不僅提高了研究的通量滥比,還加強(qiáng)了實(shí)驗(yàn)的內(nèi)部控制,能夠更系統(tǒng)地研究敲除與ASD和其他NDD相關(guān)基因?qū)ι窠?jīng)發(fā)育的影響做院。
Li等人深入研究了與轉(zhuǎn)錄調(diào)控緊密相關(guān)的36個(gè)高危自閉癥譜系障礙基因盲泛,探究它們對祖細(xì)胞分化的潛在影響。為了更精確地描繪每個(gè)基因的復(fù)雜表型特征键耕,結(jié)合了誘導(dǎo)型CRISPR系統(tǒng)的基因敲除技術(shù)與端腦大腦類器官中的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組讀數(shù)寺滚。這種創(chuàng)新性的技術(shù),被形象地稱為CHOOSE(CRISPR——人類類器官——單細(xì)胞RNA測序)屈雄,使他們能夠重建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)村视,并深入探索這些基因在疾病中如何導(dǎo)致功能障礙。
在研究中酒奶,作者首先運(yùn)用CHOOSE技術(shù)來評估哪些與ASD相關(guān)的基因?qū)μ囟?xì)胞類型的增殖和存活至關(guān)重要蚁孔。他們發(fā)現(xiàn)那些產(chǎn)生大量皮質(zhì)興奮性神經(jīng)元、中間神經(jīng)元祖細(xì)胞以及2/3層皮質(zhì)神經(jīng)元的中間祖細(xì)胞對這些基因的擾動最為敏感惋嚎,這一發(fā)現(xiàn)暗示著ASD相關(guān)的病理可能在祖細(xì)胞的早期階段就已經(jīng)悄然出現(xiàn)杠氢。
Ming等人致力于探究中間神經(jīng)元如何從腹側(cè)前腦遷移至背側(cè)前腦,以在神經(jīng)發(fā)育過程中實(shí)現(xiàn)回路的整合另伍。我們知道鼻百,中間神經(jīng)元的異常發(fā)育與一系列神經(jīng)發(fā)育障礙(NDD)密切相關(guān),尤其是自閉癥譜系障礙(ASD)质况。然而愕宋,目前我們對于這些影響中間神經(jīng)元發(fā)育和遷移的NDD遺傳風(fēng)險(xiǎn)因素及其潛在的運(yùn)作機(jī)制,仍然缺乏全面深入的理解结榄。
為了解決這一挑戰(zhàn),Meng 等人在基于 hiPSC 的類器官和組裝體模型中進(jìn)行了 CRISPR 篩選囤捻。他們首先對腹側(cè)前腦-人大腦皮層下類器官(hSO)內(nèi)的細(xì)胞進(jìn)行了中間神經(jīng)元發(fā)育的篩選臼朗。這些 hSO 是由 iPSC 生成的,這些 iPSC 在內(nèi)側(cè)神經(jīng)節(jié)隆起譜系中間神經(jīng)元活性增強(qiáng)子的調(diào)控下表達(dá)熒光報(bào)告基因蝎土,使得能夠追蹤中間神經(jīng)元的分化過程视哑。
通過引入一個(gè)包含 354 個(gè) ASD 基因和 71 個(gè)與其他 NDD 相關(guān)基因的敲除單引導(dǎo) RNA (sgRNA) 文庫到 iPSC 中,生成了 hSO誊涯,并采用了熒光激活細(xì)胞分選 (FACS) 技術(shù)挡毅,根據(jù)中間神經(jīng)元報(bào)告基因的激活情況來分離細(xì)胞。比較了報(bào)告基因陽性和陰性細(xì)胞群體之間的 sgRNA 頻率暴构,他們發(fā)現(xiàn)基因敲除對中間神經(jīng)元形成的速率有顯著影響跪呈。特別地段磨,敲除 PPP2R1A、PPM1D 和 FOXG1 等 5 個(gè)與細(xì)胞周期相關(guān)的基因耗绿,會減少 hSO 內(nèi)向中間神經(jīng)元的分化苹支。
這些具有高復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的癌癥患者均接受了最多10次的ELI-002 2P疫苗注射,有21例(84%)展現(xiàn)出了積極的T細(xì)胞應(yīng)答反應(yīng)铅鲤,有6例患者還觀察到腫瘤生物標(biāo)志物出現(xiàn)了明顯的下降纺荧,無復(fù)發(fā)生存期中位數(shù)達(dá)到了16.33個(gè)月祖秒。進(jìn)一步的分析顯示,T細(xì)胞反應(yīng)不僅能預(yù)示腫瘤生物標(biāo)志物和ctDNA清除率的降低寻定,而且與復(fù)發(fā)或死亡風(fēng)險(xiǎn)的顯著下降(86%)有著緊密的關(guān)聯(lián)。
在后續(xù)的實(shí)驗(yàn)步驟中精耐,研究者利用相同的sgRNA文庫對腹側(cè)前腦的hSO進(jìn)行轉(zhuǎn)導(dǎo)特姐,并將其與人類皮質(zhì)類器官(hCO)進(jìn)行融合,從而構(gòu)建出一個(gè)人類前腦組合體黍氮。這種組合體的構(gòu)建模擬了大腦發(fā)育的自然過程唐含,允許hSO中的中間神經(jīng)元遷移至hCO。在實(shí)驗(yàn)中沫浆,分別從hSO和hCO中分離出中間神經(jīng)元捷枯,并對它們進(jìn)行了詳盡的分析,成功地識別出了哪些遺傳擾動能夠促使hCO中的細(xì)胞數(shù)量增加专执,進(jìn)而推動更多的中間神經(jīng)元遷移淮捆。
LNPK的缺失對中間神經(jīng)元的遷移產(chǎn)生了顯著影響,然而本股,令人驚訝的是攀痊,它并未影響到中間神經(jīng)元的生成過程。眾所周知拄显,LNPK在維持內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(ER)的管狀結(jié)構(gòu)中扮演著至關(guān)重要的角色苟径,并且與一些嚴(yán)重的神經(jīng)發(fā)育障礙(NDD)密切相關(guān)。這一新發(fā)現(xiàn)的LNPK與中間神經(jīng)元遷移之間的關(guān)聯(lián)躬审,促使研究者們進(jìn)一步探索中間神經(jīng)元遷移過程中的ER動態(tài)棘街。
作者觀察到,當(dāng)中間神經(jīng)元開始遷移時(shí)承边,中心體和高爾基體會首先遷移到前導(dǎo)分支遭殉,隨后細(xì)胞核也會發(fā)生易位。值得注意的是博助,在細(xì)胞核易位之前险污,內(nèi)質(zhì)網(wǎng)已經(jīng)沿著遷移細(xì)胞的前導(dǎo)分支發(fā)生了移位。而當(dāng)LNPK被敲除后富岳,表現(xiàn)出這種ER移位行為的細(xì)胞比例明顯下降蛔糯,這也解釋了為什么LNPK敲除會導(dǎo)致神經(jīng)元間的遷移缺陷拯腮。未來的研究將致力于進(jìn)一步揭示這一現(xiàn)象的潛在機(jī)制。
論文鏈接:https://doi.org/10.1038/s41586-023-06473-y